L’Ordine ha una struttura gerarchica, al vertice della quale si pone il Cardinale Gran Maestro che, nominato direttamente dal Santo Padre, regge e governa l’Ordine. Il Gran Maestro si avvale della collaborazione di un ente consultivo, il Gran Magistero, cui è affidato il compito di concordare e definire annualmente con il Patriarcato Latino di Gerusalemme i programmi operativi e gli interventi a favore delle Strutture cristiane in Terra Santa, nonché i relativi tempi e le modalità di attuazione.
La Presidenza del Gran Magistero costituita dal Governatore Generale, dai Vice Governatori Generali e dal Cancelliere dell’Ordine rappresenta l’organo esecutivo del Gran Magistero.
La struttura operativa si articola poi su due distinte gerarchie, quella Ecclesiastica, cui è affidata la responsabilità dello sviluppo spirituale dell’Ordine, sotto la guida del Cerimoniere, e quella Laica, cui è affidata la responsabilità gestionale dell’Ordine sotto la guida del Governatore Generale e del Cancelliere.
Alla gerarchia Ecclesiastica è affidato il compito della definizione dell’attuazione dei programmi e delle iniziative per lo sviluppo spirituale dei membri dell’Ordine, mentre alla gerarchia Laica è affidato il compito della gestione della struttura operativa e dell’attività sociale e caritativa verso la Terra Santa.
L’Ordine è suddiviso in Luogotenenze le quali sono suddivise in Sezioni, che a loro volta, se ne esistono i presupposti, possono essere suddivise in Delegazioni.
Il Luogotenente, i Presidi (Responsabili delle Sezioni) ed i Delegati (Responsabili delle Delegazioni), sono affiancati da una struttura Ecclesiastica parallela costituita dai Priori rispettivamente di Sezioni e Delegazioni.
Tutte queste cariche hanno carattere prettamente operativo in quanto deleghe gestionali, e quindi non rappresentano titoli onorifici. Soggette a valutazione sulla efficacia e la correttezza esecutiva dei compiti affidati, hanno durata quadriennale eventualmente rinnovabile.
La proposta di nomina dei Responsabili ai vari livelli operativi è affidata al diretto superiore, e sottoposta all’approvazione finale delle gerarchie superiori e del Gran Magistero.
L’Ordine attualmente è suddiviso in 64 Luogotenenze, di cui 8 Delegazioni Magistrali.
Il numero degli appartenenti attivi dell’Ordine, cioè di coloro che partecipano alla sua vita nell’impegno di servizio e di carità assunti all’atto dell’ammissione, è di quasi 30.000..